[화학] 분자 구조 그리기

저는 화학을 좋아하는데요 특히 분자 구조, 오비탈, 루이스 구조식 등 분자에 관한 것을 좋아합니다.

친구가 재밌는 것을 보내줬는데 파이썬 라이브러리에 분자 구조를 그릴 수 있는 것이 있다고 해서 바로 해봤습니다.

 

Netwokx를 활용하여 분자구조 그리기 (tistory.com)

Netwokx를 활용하여 분자구조 그리기

이분의 블로그를 참고해서 찾아봤습니다.

 

코랩에서 코드를 돌려봤습니다.

rdkit 모듈이 필요하기 때문에 설치를 해줍니다.

!pip install rdkit-pypi -qqq

라이브러리를 불러오고

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Draw
from rdkit.Chem.Draw import MolsToImage
from rdkit.Chem.Draw import MolToFile
import networkx as nx
import matplotlib.pyplot as plt

분자구조를 그리는 코드를 넣어주면 됩니다.

smiles = input()
mol = Chem.MolFromSmiles(smiles)
MolsToImage(mols=[mol], subImgSize=(600,600))

 

이렇게 그리기 위해서는 분자식의 smiles 코드를 가져와야 합니다.

smiles 코드는 이곳에서 가져올 수 있습니다.

https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/

PubChem

저는 일단 시험기간에 많이 먹었던 caffeine을 그려보았습니다.

 

caffeine: CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C

오 신기하다

원소별로 색이 달라요.

 

Capsaicin: CC(C)/C=C/CCCCC(=O)NCC1=CC(=C(C=C1)O)OC

 

Adenine: C1=NC2=NC=NC(=C2N1)N  

 

D-Glucose: C([C@@H]1[C@H]([C@@H]([C@H](C(O1)O)O)O)O)O

구조에서 튀어나온 결합과 들어간 결합도 표시되어 나옵니다.

 

smiles 코드만 알면 어떤 분자든 그릴 수 있을 거 같아요

코드 표기는 이 블로그로 찾아봤습니다.

https://process-mining.tistory.com/158

SMILES 표기법이란? (SMILES representation 설명 및 장단점)

 

재밌어요 굉장히 신기합니다.

심심할 때 이걸로 놀거나 실험 보고서 쓸 때 사용할 것 같습니다.

굿